除草剂虽好，但多年来杂草对除草剂产生抗药性正在威胁到除草剂的应用。

杂草与作物相比，传播途径多样，又多具有边缘亲和性和自交亲和性，有利产生变异。大多数杂草属一年生，结实期长、繁殖量大，有些种又兼无性繁殖和有性繁殖两种类型。大多数杂草由于异花授粉和基因突变的原因，个体基因型是杂合的而不是纯合的，因此，易适应新的环境和发生变异类型。杂草种群中，个体的多实性、易变性、遗传多样性以及长期对不断变化的环境和人类农事操作等活动的干扰而产生的高度适应性，是杂草抗药性群体出现和产生的基础。

杂草对各种除草剂产生抗性的速率不同。这种差异决定于一种除草剂的使用程度（即使用年数和使用面积）和杂草对该种除草剂产生抗性的相对易难程度。除草剂的应用大大简化了农民对杂草的管理，然而当今天农民面临杂草对除草剂产生抗性时，许多杂草科学家希望他们回归长期采用的包括耕翻、放牧吃草、焚烧、覆盖作物、休闲、作物轮作和科学合理使用除草剂等方法，综合治理杂草。

抗性杂草生物型的出现和危害与作物连作、农田耕作及栽培活动减少、高强度除草剂的使用等密切相关。因此，制定和实施预防抗性杂草生物型危害的综合治理措施包括：

1、交替轮换使用。除草剂的交替轮换使用是杂草抗药性综合治理的一种重要方法。要避免长期单一使用某种除草剂，特别是当发现在推荐用量情况下，某种除草剂防效降低，不要采用增加用量的方法来提高其效果，而应采用另一类（种）除草剂进行交替轮换使用。

2、混用。使用按一定比例混配的除草剂混剂，可明显降低抗药性杂草生物型的发生频率、可扩大杂草范围、增强药效、提高作物的安全性及降低对后茬作物的影响。

3 、限制使用。限制使用主要是对用药量采取限制，避免盲目增加规定的用量。

4 、农业防治。主要包括作物轮作、耕翻、放牧、焚烧及休闲等。作物轮作能避免栽培系统中使用单一除草剂，从而延缓其抗性产生。

5 、生物防治。杂草的生物防治就是利用杂草的天敌——昆虫、病原微生物、病毒和线虫等来防除杂草。