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小麦穗发芽是指在小麦收获前在麦穗上出现发芽的现象。小麦成熟期如果遇连阴雨，不能及时收获，常出现部分受潮的麦粒在麦穗上发芽，严重影响产量和食用品质，若种子田出现穗发芽现象，则会影响秋播时种子发芽率和田间出苗率，给下茬小麦生产带来不利影响。例如2008年北方冬麦区小麦收获期降雨较多，造成一些品种出现了较重的穗发芽现象，个别品种因此严重影响了秋播小麦种子的发芽率和出苗率，因此小麦穗发芽问题应引起重视。小麦子粒成熟时虽有一定的休眠期，但还有一部分种子休眠性很弱，遇雨后种子吸水膨胀，同时温度适宜，因而萌动发芽。休眠期较短的白皮品种或有些红皮品种，成熟期遇雨不能收获，子粒在田间通过休眠期，更容易出现穗发芽。
预防穗发芽首先要选用抗穗发芽的品种或成熟不过晚的品种；其次要密切注意天气预报，尽量避开降雨，及时收获，收获后及晾晒，避免子粒在场院发芽。